A Total War Saga: Troy ถือเป็นภาคที่สานต่อและขัดเกลาระบบต่าง ๆ ที่มีอยู่ในภาคก่อนหน้า ไม่ว่าจะเป็นภาคย่อยอย่าง Thrones of Britannia รวมไปถึงภาคดั้งเดิม Warhammer และ Three Kingdoms เป็นที่น่าสนใจว่าระบบต่าง ๆ ในภาคนี้จะเป็นไปในทิศทางใด
จากบทสัมภาษณ์ของสำนักข่าว PCGamesN กับคุณ Todor Nikolov ผู้ออกแบบเกม A Total War Saga: Troy พูดถึงรายละเอียดของเกมว่าเขาได้บทเรียนมาจากภาคก่อน คือภาค Thrones of Britannia ซึ่งนำมาใช้ขัดเกลาระบบต่าง ๆ ในเกมภาคนี้
“มัน [Thrones of Britannia] ทำให้เราเข้าใจระบบบางอย่างในเกม มันเป็นบทเรียนที่มีคุณค่ามากสำหรับเรา อย่างเช่น ใน Thrones of Britannia พวกชุมชนเล็ก ๆ (minor settlement) จะให้รายได้ ในขณะที่ Troy ชุมชนเล็กจะให้ทรัพยากรที่หลากหลาย มีชุมชนที่ผลิตหิน หรือชุมชนอื่นที่ผลิตอาหาร จึงเป็นการปรับปรุงจากสิ่งที่เห็นกันใน Thrones of Britannia” คุณ Nikolov กล่าวเพิ่มเติม “ส่วนระบบเกณฑ์บุคลากร จะเหมือนกับ Total War ภาคดั้งเดิมที่เห็นกันในภาค Warhammer ที่คุณจะเกณฑ์บุคลากรและพวกเขาจะเข้ามาในสถานะแข็งแกร่งเต็มสูบ แทนที่ระบบที่เคยใช้ในภาค Thrones of Britannia และ Three Kingdoms”
มีการขัดเกลาระบบอยู่คู่กับซีรีส์มายาวนานคือระบบหน่วยพิเศษ (agent) ซึ่งในภาคนี้มีอยู่หกชนิด แบ่งออกเป็นสองประเภท คือหน่วยพิเศษแบบธรรมดากับแบบระดับสูง ในระดับธรรมดามีสามชนิด อย่างที่ผู้เล่นคุ้นเคยคือ spy, priestess และ envoy ต่างก็มีหน้าที่แตกต่างกันออกไป ซึ่งมีความเชื่อมโยงกับหลายมุมมองในเกมการเล่น ยกตัวอย่างเช่น priestess จะมีปฏิสัมพันธ์กับพวกเทพเจ้าและระบบอุปถัมภ์ (favour system) ส่วน spy ก็จะเป็นพวกนักฆ่าหรือก่อวินาศกรรม” คุณ Nikolov กล่าวเพิ่มเติมอีกว่า ส่วนหน่วยพิเศษระดับสูงมีสามชนิด มีความแตกต่างกับระดับธรรมดา เพราะพวกเขาไม่มีการเพิ่มระดับ และท่าประจำตัวก็มีปริมาณที่ถูกจำกัดเอาไว้ แต่ท่าดังกล่าวมีความทรงพลังอย่างมาก ความชื่นชอบของพวกเขา [ต่อเทพเจ้า] มีความเชื่อมโยงกับมุมมองในทางตำนานกรีก เช่น Seer ทำภารกิจที่ก่อให้เกิดความขัดแย้งระหว่างเทพเจ้า ซึ่งส่งผลต่อทุกกลุ่มภายในเกม เพราะเป็นวิธีการทำงานของระบบเทพเจ้าและระบบอุปถัมภ์
นอกจากนั้นเกมยังมีสถานที่ซึ่งเรารู้จักกันดีจากตำนานกรีก – โรมัน อยู่หลายแห่งทั่วทั้งแผนที่ อย่างเทือกเขาโอลิมปัส ถ้าหากผู้เล่นควบคุมจุดดังกล่าวได้ ก็จะได้รับผลกระทบต่อเกมการเล่นที่แตกต่างกันออกไป และมีระบบความสามารถพิเศษเฉพาะของแต่กลุ่มในเกมสำหรับตัวแม่ทัพ อย่างเช่น Aeneas ที่เป็นแม่ทัพของกลุ่ม Dardania ที่สามารถพูดกับคนตายได้ หรือจริง ๆ เขาเอาแสร้งว่าเขาพูดกับคนตายได้ ฉะนั้น ผู้เล่นสามารถใช้เขาไปยึดประเทศที่ครอบครองโลกศพของ Hercules ทาง Aeneas สามารถสื่อสารกับ Hercules และมอบความรู้ของ Hercules ให้กับกองทัพของเขาได้
